Fundado a finales del siglo XVI, en 1575, constituyó el elemento distintivo de la presencia de la Orden Franciscana en el continente americano, quienes tenían como responsabilidad la evangelización de los pobladores de América. Este primer edificio fue demolido en 1719 cuando se inició la construcción del que aún existe y que fuera concluido en 1738; erigido por Fray Juan Romero cuya torre, la más alta de la época, fue obra de arquitecto José Arcés. En 1739 quedó consagrada por el obispo franciscano Juan Luis Lazo de la Vega y Cancino con rango de Basílica Menor, adjunta en su tiempo a la Basílica San Giovanni Laterano en Roma. Su celebridad hizo que la plaza lateral a este convento franciscano llevara su nombre y hasta hoy sea conocida como Plaza de San Francisco de Asís.
Se encuentra ubicado en el casco histórico de la capital cubana, nominada por la UNESCO como Patrimonio de la Humanidad. La plaza que posibilita el acceso al lugar está considerada como una de las tres primeras de La Habana por su antigüedad. En su entorno se encuentran el edificio de la Lonja del Comercio, la terminal de cruceros, restaurantes, cafeterías entre otras instalaciones tanto recreativas como gubernamentales.
La colección de objetos que allí se expone incluye imágenes, piezas de orfebrería, piezas arqueológicas, mobiliario y pinturas que son muestras de distintas escuelas de Latinoamérica, algunas de ellas pertenecientes a los fondos del Museo Nacional de Bellas Artes.
La Basílica Menor del Convento de San Francisco de Asís fue convertida además, por su excepcional acústica, en sala de concierto de gran popularidad, donde se ofrecen presentaciones de música coral y de cámara; y es sede del Festival de Música Antigua de La Habana. A través de los ventanales acristalados y óculos abiertos en los tímpanos de los lunetos, la luz entra y se reparte moderadamente desde la nave central hacia las laterales, gracias a la notable diferencia de altura entre éstas.
Los salones y galerías del antiguo convento acogen diversas muestras transitorias de artistas contemporáneos cubanos y extranjeros, y sirven de escenario para conferencias, presentaciones de libros y eventos nacionales e internacionales.
En terreno aledaño, donde se erigía la cúpula de la iglesia es hoy un jardín en homenaje de la Madre Teresa de Calcuta, ambientado con obras escultóricas de artistas contemporáneos fue inaugurado allí en el año 1999. En el año 1993 se emitió una medalla para conmemorar la gesta rehabilitadora del Convento de San Francisco de Asís.
Oficios E/ Amargura y Teniente Rey, Plaza de San Francisco de Asís, Habana Vieja